Plavební komora Hluboká nad Vltavou umožňuje lodím o rozměrech až 44 x 5,6 m překonat třímetrový rozdíl hladin vytvořený jezem Hluboká nad Vltavou a otevírá tak možnost plavby na úseku z Českých Budějovic až k přehradě Hněvkovice.
Plavební komora má rozměry 45 x 6 m a hloubku 3 m. Uzavření komory zajišťuje dvojice vrat. Horní vrata jsou klapková, dolní pak jednokřídlá desková. Naplnění plavební komory vodou probíhá nepřímým plněním pomocí jednostranného obtokového kanálu se stavidlem. K naplnění komory je využito přirozené proudění vody, tzn., že není nutné žádné přečerpávání vody. Prázdnění plavební komory probíhá přímo pomocí stavítka v dolních vratech, také s využitím přirozeného proudění vody.
Na vjezdu do komory jsou z obou stran vytvořeny tzv. rejdy tvořené štětovými stěnami. V nich jsou umístěna čekací stání pro plavidla čekající na proplavení. V čekacím stání mají lodě možnost se napojit na elektrickou energii a získat informace o vodní cestě ze statické mapy a digitálního panelu pro zobrazení aktualit. Provoz plavební komory je počítačově řízen z velínu. Odtud je zároveň možné ovládat i další plavební a jezové prvky včetně vjezdu do přístavu. Komunikace posádky plavidla s velínem probíhá buď pomocí krátkovlnné vysílačky nebo intercomem umístěným na čekacích stáních.
Proplavení plavební komorou je bezplatné pro všechny velikosti plavidel. V případě povodní je možné komoru využít jako další jezové pole. Dolní vrata jsou otevřena a horní klapková vrata řídí obsluha jezu stejně, jako jezové klapky. Tím je zvýšena kapacita průtoku vody přes jez a snižuje se tak riziko rozlití řeky mimo koryto.